氟化硼二吡咯类荧光染料相对比于荧光素、罗丹明或者菁染料有着较高的量子产率、高摩尔消光系数、良好的光学稳定性和对PH不敏感的优点被广泛应用于生物标记、荧光探针及生物成像。